Dista 35 Km.da Palermo, e si trova - a 475 m.slm -in una zona collinare interna. Il suo territorio,oltre a far parte della Riserva Serre di Ciminna,è incluso nella Zona Naturalistica a Protezione Speciale “Rocche di Ciminna”.

Anche se appare certo che la zona del Monte Chiarastella sia stata abitata fin da tempi remoti,la storia di Villafrati inizia ufficialmente nel 1602,quando il barone Vincenzo Spuches acquistò il terreno che oggi corrisponde al territorio comunale del paese.

Qui avrebbe dovuto sorgere l’abitato di “Clarastella”, così come indicato nei documenti per la licentia populandi, ma gli abitanti del nuovo centro, inclusi i discendenti della nobile famiglia, i conti Filangeri, mantennero come riferimento per il luogo la masseria di Villafrati, un vecchio casale forse di origini arabo-normanne - che sorgeva lungo l’antica strada di collegamento tra Palermo e Agrigento.